COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 14.609604 14.609604 15.373125
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.454913
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.474520 15.502475
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 15.744929
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 15.950725
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.113043
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.293623

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 11.663009
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 11.869166
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 11.898743
2021-04-19 17:00:00 17.604356 6.116015 11.681562
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 11.922948
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 12.149037
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 12.591589

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 22.866028
2021-04-21 17:00:00 16.398104 21.898734 23.344086
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 23.659748
2021-04-19 17:00:00 20.796460 22.335025 23.301074
2021-04-18 17:00:00 25.978648 25.978648 23.824801
2021-04-17 17:00:00 24.215247 24.215247 24.004775
2021-04-16 17:00:00 16.923077 23.608317 24.286899

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 14.432345
2021-04-21 17:00:00 12.170543 14.627329 14.589892
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 14.736960
2021-04-19 17:00:00 10.236220 14.627329 15.224349
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 15.692202
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 15.935596
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 16.133803

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 12.041692
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 12.201256
2021-04-20 17:00:00 15.835671 15.835671 12.409586
2021-04-19 17:00:00 18.620882 8.932637 12.682618
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 12.812015
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 12.975978
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 13.137356

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 30.272042
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 30.171008
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 30.407213
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 31.003535
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 31.565888
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 32.453495
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 33.382916

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 11.507017
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 11.639953
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 11.498312
2021-04-19 17:00:00 7.878788 34.242424 11.517158
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 11.562893
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 11.826346
2021-04-16 17:00:00 9.809810 9.809810 11.973514

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.309229
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.323658
2021-04-20 17:00:00 4.873428 4.873428 6.365195
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.166975 6.360113
2021-04-18 17:00:00 7.677112 6.057511 6.483955
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 6.569716
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 6.635241

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 12.234956
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 12.464748
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 12.436806
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.801743 12.584827
2021-04-18 17:00:00 15.677966 11.334792 12.809335
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 13.051338
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 13.287383

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 15.045574 26.832790 23.360491
2021-04-21 17:00:00 14.016191 23.308856 23.583806
2021-04-20 17:00:00 12.128695 19.005349 24.146300
2021-04-19 17:00:00 12.798425 12.798425 24.539607
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 24.877432
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 25.425695
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 26.002767

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 13.546392
2021-04-21 17:00:00 14.248990 14.248990 13.680303
2021-04-20 17:00:00 11.961451 11.961451 13.558802
2021-04-19 17:00:00 13.550940 13.550940 13.058981
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 13.129484
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 13.227723
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.375251

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 7.117137
2021-04-21 17:00:00 4.567541 7.472178 7.099123
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.945539
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.966424
2021-04-18 17:00:00 6.682578 6.682578 6.891884
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 7.001025
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 7.026784

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 4.687501
2021-04-21 17:00:00 9.298532 4.567700 4.595748
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 4.619370
2021-04-19 17:00:00 3.300330 0.815661 4.587157
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 4.686553
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 4.750363
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 4.905250

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 37.847593
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 38.160507
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 38.411954
2021-04-19 17:00:00 16.455696 16.455696 38.267967
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 38.423207
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 38.443147
2021-04-16 17:00:00 43.150685 43.150685 39.154324

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 23.642631 23.642631 16.448951
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 16.620440
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 16.535295
2021-04-19 17:00:00 39.528193 10.903031 16.231642
2021-04-18 17:00:00 26.267926 12.027546 16.524751
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 16.616837
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 17.023628

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 37.472424
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 37.725034
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 38.141272
2021-04-19 17:00:00 16.030744 16.030744 37.979693
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 37.981594
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 38.529478
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 38.597595

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.400888
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.203313
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 9.165257
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.267304 9.213146
2021-04-18 17:00:00 11.097060 11.097060 9.221368
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.275367
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.264710

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.475357
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.542218
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.581369
2021-04-19 17:00:00 15.926819 11.041196 12.679144
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 12.823738
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 12.940307
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.072315

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.825675
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 12.040259
2021-04-20 17:00:00 9.274194 9.274194 12.150251
2021-04-19 17:00:00 18.681851 9.438120 12.090925
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 12.282946
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 12.398325
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 12.561149

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 17.070218 13.740920 14.676741
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 15.068512
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.099848
2021-04-19 17:00:00 9.333333 15.066667 15.307148
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 15.704715
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 16.075161
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 16.738865

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 24.514603
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 25.494676
2021-04-20 17:00:00 14.893617 14.893617 25.506765
2021-04-19 17:00:00 75.280899 43.820225 26.249904
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 26.505726
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 27.324880
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 27.728636

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 22.820740
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 22.870534
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 22.893828
2021-04-19 17:00:00 21.971706 12.885662 22.905974
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 23.043054
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 23.016298
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 23.431389

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 14.027694 14.027694 11.663009
Basilicata 23.276836 23.276836 22.866028
Calabria 12.484472 12.484472 14.432345
Campania 10.968963 10.968963 12.041692
Emilia-Romagna 28.426682 28.426682 30.272042
Friuli Venezia Giulia 11.462882 11.462882 11.507017
Lazio 6.940547 6.940547 6.309229
Liguria 12.286563 12.286563 12.234956
Lombardia 15.045574 26.832790 23.360491
Marche 13.412229 13.412229 13.546392
Molise 9.450830 9.450830 7.117137
P.A. Bolzano 7.947020 7.947020 4.687501
P.A. Trento 45.814978 45.814978 37.847593
Piemonte 23.642631 23.642631 16.448951
Puglia 46.039845 46.039845 37.472424
Sardegna 9.185102 9.185102 9.400888
Sicilia 12.641003 12.641003 12.475357
Toscana 11.855142 11.855142 11.825675
Umbria 17.070218 13.740920 14.676741
Valle d'Aosta 22.674419 22.674419 24.514603
Veneto 23.981900 23.981900 22.820740

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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